本书在第一版的基础上，将结构重新调整，全书分为三个部分：第０篇“一次完整的入侵”，第１篇“入门篇”、第２篇“提高篇”。“一次完整的入侵”被安排在全书的最开始，在系统地介绍各个入侵阶段之前，通过一个实例让初学者对整个入侵过程和全书的内容有个大体了解。第１篇“入门篇”是第一版的主干部分，详细、系统地介绍了入侵的各个阶段和安全对策，并增加了“本地入侵”，介绍了关于物理可接触计算机的安全问题。第２篇“提高篇”，与前面部分相比，作为本书的补充，难度相对深一些，偏重于理论。此外，这次改版更新了书中使用工具的版本，并对“基于漏洞的入侵”进行了大量的更新。